刘备进入成都，送走刘璋，也就相当于拿下了除了汉中之外的整个益州。于是置酒高会，大宴群臣、士卒，将城中的金银珠宝赏赐给将士。
刘备自称益州牧，赐诸葛亮、法正、张飞及关羽金各五百斤，银千斤，钱五千万，锦千匹。
升军师中郎将诸葛亮为军师将军，署左将军府事。刘备外出，常令诸葛亮镇守成都，足食足兵，犹如汉初的萧何。
诸葛亮辅佐刘备治理蜀地，法令严苛，百姓多有怨言。法正对诸葛亮：“当年高祖入关中，约法三章，秦人感恩，遵从高祖。现在我们只有一两州的地盘，还没给过百姓恩惠，请罢去严苛的法令，以慰百姓。”
诸葛亮：“你只知其一，不知其二。当年秦国就是因为法令太严，所以高祖约法三章，以收百姓之心。而我们现在不同，刘璋暗弱，蜀人专权跋扈，蔑视刑法。要是一直给他们恩惠，恩惠用到了尽头不能再给予，就会松懈；而我用法理约束，再给恩惠，就会感恩。如此恩威并济，才是治国之要点。”
以张飞领巴西太守，拜关羽总督荆州军政。关羽听马超来降，不是自己老兄弟，老班底，就给诸葛亮写信，问：“马超这人能力如何？可与谁相比？”
诸葛亮知道关羽高傲，就回信：“孟起文韬武略，勇猛过人，乃是当世人杰，可与黥布、彭越同类。若当世之人，应该跟益德并驾齐驱。不过，还是不如美髯公绝伦逸群。”
关羽看到信，满心骄傲，将书信给宾客、麾下传阅。
以赵云为翊军将军。当时有人议论，将成都有名的田宅都分给诸将。赵云：“霍去病曾言：匈奴未灭，无以家为。现在不仅有匈奴，还有国贼，不能只求安逸。须等下安定，大家各返桑梓，归乡耕种，才能享受安逸生活。益州人民刚刚经历了战乱，我们应当将田宅都还给军民，使百姓安居乐业，然后才能为我们效命，不能夺去百姓的东西赏给亲信。”
刘备采纳了赵云的意见。
从葭萌关至成都，黄忠逢战争先，陷阵先登，勇冠三军。益州平定，刘备封黄忠为讨虏将军。
当初，刘备围攻成都之时，蜀郡太守许靖，也就是汝南许子将的堂哥，准备偷偷出城投降。结果一不心，被守城将士给抓住了。刘璋认为，成都破城在即，大家都是生死难料，许靖逃亡也无可厚非，也就没有理他。
等刘璋投降后，刘备认为许靖太过薄情，就不打算用他。法正跟刘备：“许靖无真才实学，但是虚名很高。主公始创大业，得广揽下英雄。现在如果不用许靖，大家只知道他有名声，而不知道他没本事，会认为主公您不重贤才。所以，要加以敬重，就像千金买马骨，燕王重郭隗。”
于是，刘备厚待许靖，任命为左将军长史。
升军议校尉法正为蜀郡太守、扬武将军，外统都畿，内为谋主。法正此人，心眼儿窄，睚眦必报，擅自杀好几个死得罪自己的人。
但是，法正此时乃在刘备眼前红得发紫，最得宠幸，也没人敢他。有人偷偷对诸葛亮：“法正太过嚣张跋扈了，将军应该跟主公禀告，稍微管管他。”
诸葛亮：“主公在公安时，北有强敌曹操，东有孙权威逼，还日夜担心孙夫人于肘腋生变，就像是强龙搁于浅滩，进退失据。直到法孝直来辅佐，主公才能像现在一样翱翔际。你，该如何制止法孝直呢？”
以前，董和清正廉洁，汉民、夷民都很拥戴信任他，蜀中都认为他是循吏（清官、青大老爷）。刘备入主益州后，任用董和为为掌军中郎将，署左将军府事。
刘备从新野逃到江南，荆楚之地的士人从之如云，唯独刘巴往北而去，拜见曹操。曹操征辟刘巴为丞相府曹掾，明他去招纳长沙、零陵、桂阳。
不料，曹操兵败退回北方，刘备拿下南方。刘巴眼见事不可为，便准备转道交州，趁机逃到许都。当时诸葛亮在临蒸，便给刘巴写信，请刘巴来刘备麾下效力。刘巴不愿跟随刘备，从此，刘备怀恨在心。
刘巴从交趾入蜀，依附刘璋。刘璋准备迎刘备入蜀，刘巴劝刘璋不要接纳。等刘备入蜀后，刘巴又劝刘璋，不要让刘备去讨伐张鲁。刘璋不听，刘巴便称有病，闭门谢客。
刘备攻成都时，对军中下令：“若有人敢打着为我报仇的旗号去伤害刘巴，夷灭三族。”
得到刘巴后，刘备大喜，任命为西曹掾。
刘备围困成都的时候，为了激励士气，曾对麾下士卒：“等拿下成都，府库物资，孤一点儿不要，都是作为你们的赏赐。”
拿下成都后，士卒个个奔赴府库，争抢宝物，以至于军资不足，刘备很是忧虑。
刘巴就出来给刘备献计：“主公勿忧，此事易耳。”
刘备赶紧请教：“还请教孤。”
刘巴：“只需要铸造大钱，以一当十、当百、当千，然后平抑物价。”
刘备采用刘巴的计策，果然，几个月后就府库充盈了。
刘备发行大面值货币，短时间内获得了利益，可是从长远来看，肯定是弊大于利。古代还没有通货膨胀这个词，但货币多于商品时，商品价格上涨是常态，这也是对市场的损害。至于后来蜀国灭亡，是否有这方面的原因，现在已不得而知。
刘备与刘璋交恶后，各郡县望风而降，唯独黄权闭城坚守。直到刘璋投降以后，黄权才选择投降，刘备封黄权为偏将军。
刘备从葭萌关出兵攻打刘璋，留中郎将霍峻守葭萌城。张鲁派杨昂前去诱降，要共同守城。霍峻：“饶头，你想要可以拿去，但是，要想取城，门也没樱”杨昂只能退军。
后来，刘璋的部将扶禁、向存等人率万余士卒由阆水而来，围攻霍峻。城中仅有数百士卒，但是霍峻坚守了一年。后来瞅准时机，选派精锐士卒出城袭击，扶禁、向存大败，向存被斩于阵前。
刘备平定蜀地，分广汉郡一部分为梓潼郡，任命霍峻为梓潼太守。
刘备任命蒋琬为广都县长。有一次刘备出巡至广都，见蒋琬根本不理政务，又喝得烂醉，大怒，准备将蒋琬论罪斩首。
诸葛亮：“蒋琬不是的百里之才，乃是社稷之才。他理政是以安定百姓为主，而不是搞形式主义来糊弄你，请主公明察。”
刘备向来敬服诸葛亮，也就没有给蒋琬治罪，但是，还是免去了官职。
刘备以马超为平西将军，以从事中郎糜竺为安汉将军，简雍为昭德将军，孙乾为秉忠将军，庞羲为司马，李严为犍为太守，费观为巴郡太守，伊籍为从事中郎，彭羕为益州治中从事。
刘备当时用人，不拘一格，董和、黄权等都是刘璋任命的，吴懿、费观等都和刘璋是亲家，彭羕是刘璋贬斥的奴隶，刘巴是刘备的仇人，但是，刘备全部重用，给予高官显爵，各尽其才。于是，州中有志之士纷纷投效，
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