海军不是不按计划来运输这些俘虏，主要是海军这次遇见了麻烦，连施琅就赶回了昌化。这事要从十前起，海军的运输船队运送第一批俘虏回琼州时，由于要运送建筑材料到威海，回去的船队就有许多空船，为了不让船放空，就在杭州湾采购了大量的棉花、生丝。结果船队在经过琉球海峡时，结果遇见了海盗，就是海盗，而且是西洋海盗，因为对面气势汹汹逼上来的是三条盖伦船，从望远镜里可以清楚的看见船上红毛人。护送船队的两艘军舰和一条使号根本没有重视，因为弗朗机也有船队在海关备案交税。直到这三条船升起了海盗旗海盗旗又称骷髅旗。骷髅旗——也就是一个骷髅加上两根交叉骨头的旗帜绝对是海盗的标志。虽然来源已不可考，但很多人认为这个词其实是来自法语单词JoLI RoUGE，“鲜艳的红”的意思。从前的海盗们用这个词来描述船桅上高高飘扬的血色旗帜。多数情况下，海盗在追逐猎物时，升起白色旗帜，表明身份——有时猎物会因此降下自己的旗帜而屈服；如果猎物拒绝投降，则升起黑白两色旗帜，表明意图；红色旗帜会桅顶飘扬，意思是一旦捕获猎物，不留任何活口。
海军士兵一见血红的海盗旗又惊又怒，没有想到这里居然会遇见海盗，这些海盗居然没有任何交涉就要不留活口。护航的舰队的领队是琼州十号的船长何三九，马上下达了作战命令，轰隆隆的炮声就响了起来，海上打炮双方都没有什么准头，一阵炮声过后双方却没有什么损伤。两条福船正准备调整姿态继续射击，却发现三条海盗船居然直扑运输船队，何三九一看大急，刚才迎战时忘了自己在护送运输船队，现在追上去已经不可能了，急忙用旗语命令使号追上去缠住这三条海盗船。使号马上追上去向这些海盗船贴着水面发射了三枚火箭弹，但都被躲过，看样子对方对亚洲军海军的作战方式有一定研究。这时两条褔船已经追了上来，对着海盗船一阵猛轰，终于把三条海盗船赶走。何三九赶忙打出旗语让运输船队尽量靠在一起，满帆前进。这时三条海盗船再次扑向运输船，何三九在第一回合吃了亏，不再急于攻击对方，而是不断调整姿态阻挡海盗船进攻运输船，一来二去双方的距离就拉到了一百米左右，双方几乎同时开炮。硝烟散尽，两条福船的船帮上多了不少窟窿，一条福船桅杆已经折断，十多个士兵当场死亡，三条海盗船也没有好到哪去，原来站在甲板上的人被一扫而光，船帮上也多了几个窟窿眼，其中一条船被弹片划断了船帆的缆绳，船帆也落了下来，暂时失去了动力，使号一见有机可乘，飞快靠拢贴水连发三枚火箭弹，打固定靶那就准多了，三声爆炸后这艘盖伦船就变成了火把。但另外两条盖伦船又故技重施扑向运输船，双方你来我往，打了一个势均力敌，西洋水手操舟水平高，但火炮破坏力不足。亚洲海军操舟火炮厉害，但防守面积大，旁边还有一使号救场，也不落多少下风。
但这里离大员太近，也不知道还有没有其他海盗船过来，必须尽快搬救兵。何三九见对方暂时也没有能力拿下自己，打出旗语让使号回琼州搬救兵，自己两条福船继续与海盗船周旋。使号接到命令就满帆前进，居然跑出了历史最高记录，在当晚上就赶到了琼州港，稍作补给又向儋州而去，幸阅事他们没有走多远就遇到了一支三条福船一条使号的巡逻船队。巡逻船队听到报告直接就向琉球海峡赶去，原巡逻的使号回儋州港继续搬救兵，安排巡逻队巡逻。
这支巡逻船队组织的救兵连夜航行，终在第二上午赶到战场，当他们赶到时，海面上居然多了三条盖伦船，现在五条海盗船正围着两条福船进攻，两条琼州号已经被打得弹痕累累，只能不断的用火炮优势不让这几条海盗船靠拢近战，炮弹也快告磐，但他们还在苦苦支撑。要不是遇见巡逻队，他们绝对支撑不到救兵的到达，可能会全军覆没，亚洲军也不可能发现是谁袭击了他们。三条巡逻船一见情况危急，也不管什么战术，直接冲进战团就开炮，十条海船战成一团，炮声隆隆，硝烟弥漫，这海战一直打到傍晚，十条船都受到不同程度的损伤，五条海盗船见没办法达到目的，估计亚洲军还会有救兵，不得不离开，亚洲军要为运输船队护航也不敢去追，于是双方一个向东一个向南分道扬镳。
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